Het hoogste orgaan in de vereniging is de ledenvergadering. Ieder lid is in principe stemgerechtigd. Eén keer per seizoen wordt de Algemene Ledenvergadering gehouden. Een seizoen (oftewel een verenigingsjaar) duurt van 1 juli tot en met 30 juni van het jaar daaropvolgend.

Naast de ledenvergadering is er een bestuur en zijn er meerdere commissies. De dagelijkse gang van zaken van de vereniging wordt gevoerd door het bestuur van de AVC Heracles. Het bestuur, dat benoemd is tijdens en door de Algemene Ledenvergadering, bestaat uit de volgende personen:

De AVC Heracles kent daarnaast ook een aantal door het bestuur aangestelde commissies die ervoor zorgen dat alles in de vereniging wordt geregeld en georganiseerd. Het spreekt vanzelf dat de commissies in hun werkzaamheden de steun hebben van het bestuur. De binnen de AVC Heracles functionerende commissies zijn: